Как сообщили специалисты Счетной палаты, не смотря на то, что на финансирование внедрения системы ГЛОНАСС, были выделены миллиарды рублей, работы продвинулись только на треть от того объема, который планировалось осуществить на сегодняшний день. Приведенные финансовые отчеты уже отправили в ряд ведомств и президенту страны.
В 2006, 2008 и 2010 году, в программу трижды вносились изменения по объемам финансовых вложений, в результате чего, финансирование, к сегодняшнему дню, выросло в 5.9 раз, по сравнению с первоначальным. В период с 2002 по 2010 годы, в программу ГЛОНАСС было инвестировано 98.7 миллиардов рублей, из которых, 3.3 миллиарда было привлечено из внебюджетных источников. Проведенная проверка показала, что, не смотря на финансирование в самом полном объеме, проведенное из государственного бюджета, темпы выполнения программы серьезно отстают от планирующихся показателей, а если быть точными, то по 18 из 28 показателям эффективности выполнения программы. Кроме того, ведомством, осуществившем проверку, было отмечено, что самой уделяется недостаточное внимание коммерческому использованию программы ГЛОНАСС.